Evaluation d'une nouvelle méthode de biologie moléculaire pour le diagnostic des bactériémies au laboratoire

Caussanel, Arnaud (2015) Evaluation d'une nouvelle méthode de biologie moléculaire pour le diagnostic des bactériémies au laboratoire. Thèse d'exercice en Thèses > Pharmacie, Université Toulouse III - Paul Sabatier.

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Résumé en français

L'optimisation du délai de rendu des résultats des hémocultures positives est un enjeu majeur pour la prise en charge des patients ainsi que pour une utilisation raisonnée des antibiotiques. Nous avons évalué, au laboratoire de Bactériologie-Hygiène (CHU de Toulouse) les performances du test rapide Verigene(r) BC-GN (Gram-Negative Blood Culture, Nanosphère) permettant d'identifier 9 genres bactériens (+/-espèce) et 6 marqueurs de résistance directement à partir des flacons d'hémocultures positifs. Les résultats ont été comparés aux résultats obtenus selon nos méthodes utilisées en routine pour l'identification (MALDI TOF Microflex LT Bruker) et pour la réalisation de l'antibiogramme (Vitek-2(r) Biomérieux et antibiogramme par diffusion). Au total, 52 tests ont été réalisés et 47 espèces ont été identifiées correctement chez 45 patients (2 prélèvements polymicrobiens). 6 espèces bactériennes n'ont pas été identifiées car elles ne sont pas incluses dans la base de données du test et une dernière espèce n'a pas été correctement identifiée. Le délai moyen d'identification a été inférieur de 5h en moyenne par rapport à la SM utilisée en routine. Au niveau des marqueurs de résistance, 7 gènes ont été détectés (5 CTX, 1 OXA et 1 VIM). Le délai de rendu de ces résistances est nettement inférieur au délai de rendu de l'antibiogramme en routine (24h à 48h en moyenne). Ces résultats permettent une modification précoce de la prise en charge thérapeutique, conduisant à une utilisation plus adaptée et raisonnée des antibiotiques. A l'heure où la résistance bactérienne prend une ampleur importante au niveau mondial, ce dernier point semble essentiel.

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