Etude de l'évolution des virus influenza aviaires de sous-type H5 vers les formes hautement pathogènes

Dupre, Gabriel (2020) Etude de l'évolution des virus influenza aviaires de sous-type H5 vers les formes hautement pathogènes. Thèse d'exercice en Thèses > Pharmacie, Université Toulouse III - Paul Sabatier.

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Résumé en français

Les AIV constituent un problème majeur de santé publique et animale, du fait de leur potentiel zoonotique et des conséquences désastreuses qu'ils peuvent avoir au niveau de la filière avicole. Les HPAIV sont caractérisés par la présence d'un site de clivage polybasique de HA qui constitue un déterminant clé de leur pouvoir pathogène. Plusieurs mécanismes génétiques ont été proposés afin d'expliquer l'acquisition de cette séquence chez les souches LPAIV progénitrices de HPAIV de sous-type H5 ou H7. Cette prédisposition génétique restant encore énigmatique, plusieurs questions subsistent : tous les LPAIV de sous-type H5 et H7 ont-ils la même probabilité d'évolution vers un HPAIV ? Si une différence de probabilité existe, dans quelle mesure l'environnement nucléotidique entourant le site de clivage de la HA influence-t-il le chemin évolutif du LPAIV ? Afin de répondre à ces questions, une analyse phylogénétique de séquences nucléotidiques HA de souches de sous-type H5, combinée à des prédictions de structures secondaires d'ARN a été réalisée. L'analyse bio-informatique nous a permis d'identifier plusieurs groupes de séquences HA de LPAIV H5, catégorisés comme plus ou moins favorables au phénomène d'émergence par insertions ? En fonction de certaines différences observées au niveau de la structure secondaire d 'ARN englobant le site de clivage. Ensuite, un système expérimental de type minigénome, s'appuyant sur une méthode précédemment publiée, a été élaboré dans le but de mesurer expérimentalement le phénomène d'insertion de nucléotide. Ce système, encore en cours d'optimisation devrait à terme permettre la détection d'évènements d'insertion rares, possiblement déterminants dans l'évolution des virus influenza aviaires.

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