Prise en charge des hémocultures positives. Comparaison d'une nouvelle méthode d'antibiogramme aux méthodes de routine au CHU de Limoges

Gharsalli, Mouaffak (2020) Prise en charge des hémocultures positives. Comparaison d'une nouvelle méthode d'antibiogramme aux méthodes de routine au CHU de Limoges. Thèse d'exercice en Thèses > Pharmacie, Université Toulouse III - Paul Sabatier.

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Résumé en français

Introduction : les bactériémies sont des infections graves à haut taux de mortalité. Une prise en charge adaptée implique une détection efficace et précoce du micro-organisme responsable, par hémoculture. C'est pourquoi cet examen doit être parfaitement réalisé de la prescription au rendu des résultats. Nous avons résumé les différents paramètres de prédiction d'une bactériémie, cités dans la littérature, ainsi que les différentes étapes pré-analytiques, analytiques et post-analytiques de traitement d'une hémoculture qui permettrait d'améliorer son rendement et de diminuer le risque de contamination. Au préalable de notre travail expérimental, nous avons rappelé les différentes phases d'une validation / vérification d'une nouvelle méthode en microbiologie. L'objectif de notre étude était de comparer les techniques d'antibiogramme de routine et d'évaluer une nouvelle méthode d'antibiogramme capable de rendre les résultats en 4 à 8h. Matériels et méthodes : cette étude a été menée, entre juillet et novembre 2019, au laboratoire de bactériologie-virologie-hygiène du CHU de Limoges sur 26 prélèvements d'hémocultures positifs. Nous avons évalué plusieurs techniques d'antibiogramme employées en routine. C'est ainsi que nous avons comparé des techniques à courte incubation, des techniques à longue incubation, des techniques manuelles et des techniques automatisées. A partir de 22 prélèvements d'hémocultures positifs, nous avons, ensuite, comparé une méthode rapide d'antibiogramme (méthode EUCAST, RAST) à nos méthodes de routine. Résultats : au global, la comparaison des techniques manuelles et automatisées a révélé une concordance globale supérieure à 96%. Une seule erreur majeure a été détectée et aucune erreur très majeure n'a été observée. Les phénotypes résistants tels que les BLSE, les SARM et les phénotypes multi résistants ont été correctement identifiés par les deux techniques. La concordance de la méthode EUCAST avec nos méthodes de routine était très satisfaisante. Nous avons constaté une absence de subculture à 4h dans 4/22 cas et à 6h dans 2/22 cas. Le nombre de catégorisations "ATU" (zone d'incertitude technique) était important à 4h mais diminuait avec la prolongation de l'incubation jusqu'à quasi disparaitre à 8h. La majorité des "ATU" a été observée chez E. coli et S. aureus. Chez P. aeruginosa, la lecture à 6h n'était pas satisfaisante car pour 2 souches sur 3 le résultat était ininterprétable, du fait d'absence de subculture. Conclusion : la concordance de nos techniques de routine est en accord avec la littérature. Les erreurs mineures se sont produites autour des concentrations et/ou des diamètres critiques. Malgré cette fiabilité, une interprétation, prenant en compte le contexte clinique, les recommandations en vigueur et les données de la littérature, reste indispensable. La méthode EUCAST présente des bonnes performances et permet de raccourcir le délai de rendu des résultats à 4-8h, mais le nombre restreint d'antibiotiques testés et les contraintes liées à une méthode manuelle, rend son application en routine difficile. De nouvelles technologies promettent un bouleversement du diagnostic des bactériémies dans les prochaines années. En attendant, une prescription motivée, une prévention des contaminations et une optimisation du prélèvement et de son traitement restent la solution incontournable pour rendre des résultats fiables.

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