Cutibacterium acnes : phylotypage par spectrométrie de masse au laboratoire dans les infections ostéo-articulaires

Icart, Grégoire (2018) Cutibacterium acnes : phylotypage par spectrométrie de masse au laboratoire dans les infections ostéo-articulaires. Thèse d'exercice en Thèses > Pharmacie, Université Toulouse III - Paul Sabatier.

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Résumé en français

Objectifs : Cutibacterium acnes est une bactérie responsable d'infections ostéo-articulaires (IOA). Les objectifs de notre étude étaient 1) d'étudier la répartition des phylotypes des souches de C. acnes isolées d'IOA ; 2) de rechercher des associations pertinentes entre phylotypes et paramètres démographiques et cliniques des patients pouvant présenter un intérêt pour leur prise en charge ; 3) d'étudier la clonalité des prélèvements et cultures d'un même patient. Matériels et Méthodes : nous avons réalisé le phylotypage rétrospectif par spectrométrie de masse (Brucker) de 344 souches de C. acnes isolées d'IOA au CHU de Toulouse entre 2014 et 2017. Les données démographiques, cliniques et microbiologiques ont été recueillies pour chaque patient. Afin d'étudier la clonalité, sur 10 prélèvements d'IOA, tissus osseux et tissus profonds (N = 5 patients), un maximum de colonies différentes par boîte ont été analysées. Résultats : nous avons mis en évidence 2 phylotypes majoritaires, IB-IC (35,5%) et IA (36,6%). Le phylotype II représentait 11% de l'effectif, et le phylotype III n'a été rencontré qu'une seule fois. Un profil inconnu récurrent (noté X) a été identifié dans 9,3% de l'effectif ; des profils inconnus (U) dans 3,5% et des profils mixtes dans 3,8%. Les phylotypes X, U ou mixtes étaient significativement associés (P = 0,003) aux patients présentant un nombre de prélèvements positifs à C. acnes strictement inférieur à 3 (considérés comme contaminants) et étaient prédictifs de ces prélèvements non significatifs à 96,4%. Les souches de C. acnes résistantes aux macrolides sont essentiellement de phylotype IA. Concernant la clonalité, nous avons montré une monophylotypie des prélèvements et cultures contrairement à ce qui est retrouvé au niveau cutané. Conclusion : deux phylotypes (IB-IC et IA) sont majoritairement retrouvés dans les IOA. Un seul et même clone par patient semble en être responsable. Des profils inconnus et mixtes sont retrouvés pour les souches considérées comme des contaminants, et en sont prédictifs.

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